Africa-Places.com ने मोम्बासा में लगभग 16 प्राथमिक विद्यालय को सूचीबद्ध किया है। मोम्बासा के कुछ टॉप रेटेड प्राथमिक विद्यालय हैं। मिकिंदानी प्राइमरी स्कूल, मृमा प्राइमरी स्कूल, टिम्बवानी बैपटिस्ट प्राइमरी स्कूल, कदज़ादानी प्राइमरी स्कूल, पोर्ट रिट्ज स्पेशल प्राइमरी स्कूल चांगमवे चानी, शिमो ला तेवा प्राइमरी स्कूल, टिम्बवानी बैपटिस्ट प्राइमरी स्कूल, डेस्टिनी गार्डन स्कूल, माउंटोंग्वे प्राइमरी स्कूल & कदज़ादानी प्राइमरी स्कूल।