Africa-Places.com ने मोम्बासा में लगभग 16 प्राथमिक विद्यालय को सूचीबद्ध किया है। मोम्बासा के कुछ टॉप रेटेड प्राथमिक विद्यालय हैं। फ़्रेरे टाउन प्राइमरी स्कूल, म्वेज़ा प्राइमरी स्कूल, व्येमानी प्राइमरी स्कूल, पोर्ट रिट्ज स्पेशल प्राइमरी स्कूल चांगमवे चानी, पोर्ट रिट्ज अकादमी प्राइमरी स्कूल & मविता प्राइमरी स्कूल।