Africa-Places.com ने मोम्बासा में लगभग 3 नौवहन कंपनियाँ को सूचीबद्ध किया है। मोम्बासा के कुछ टॉप रेटेड नौवहन कंपनियाँ हैं। एक्सप्रेस शिपिंग एंड लॉजिस्टिक्स (ईए) लिमिटेड - मोम्बासा, मार्सक केन्या लिमिटेड- मोम्बासा & चपलता डीजीएस UNSOS।