Africa-Places.com ने मोम्बासा में लगभग 5 उच्च विद्यालय को सूचीबद्ध किया है। मोम्बासा के कुछ टॉप रेटेड उच्च विद्यालय हैं। मजारस हाई स्कूल, टोनोनोका माध्यमिक विद्यालय, बुद्धि हाई स्कूल, पोर्ट रिट्ज अकादमी माध्यमिक विद्यालय & सेक्रेड हार्ट हाई स्कूल।